原始测序数据分析
上传 FASTQ 和 barcode，系统校验后进入 pipeline。
Immune Repertoire Analysis
把上传、分析、结果查看和正式交付，收成一个简单的前台。
AIDeN Atlas 先只做一件事：让客户用最少步骤完成免疫组学分析。 上传 `FASTQ + barcode` 或 `CDR3 表`，然后拿到标准报告、图表和下载结果。
- 支持 `Single-chain` 和 `Seven-chain`
- 默认给标准分析，不让用户先配参数
- 先看结论，再看图和方法
客户视角
01
02
03
一个项目，两种导入方式
已有 CDR3 结果分析
上传标准化 CDR3 表，直接进入下游分析与展示。
统一结果入口
项目总览、标准报告、图表页、下载中心，全部回到账户下。
Workflow
只保留用户真正关心的 4 步
创建项目
先创建一个项目，再选择导入模式，用户不用先理解后台系统。
上传与校验
自动识别链类型、样本数和缺失字段，用户只需要确认是否开始分析。
异步分析
后台完成 pipeline 后，把结果放回项目，不要求用户盯着流程跑。
查看与下载
默认先看核心结论和关键图，再按需下载 PDF、图表包和结果表。
Input Modes
前台只保留两种清楚的导入方式
原始测序数据
适合还没有中间结果、需要完整 pipeline 的客户。
- 上传 `FASTQ`
- 上传 `barcode 信息`
- 系统自动识别 `1C / 7C`
- 校验通过后进入分析队列
已有 CDR3 结果表
适合已经有标准化表格、只需要下游分析和展示的客户。
- 上传 `CDR3 table`
- 识别字段和样本结构
- 直接进入下游分析
- 结果可在前台展示并下载
Outputs
用户最终拿到的，不只是一个分析完成提示
项目总览
一眼看研究问题、数据类型、样本范围、状态和核心发现。
标准报告
按章节查看多样性、免疫指标、treemap、top clones 和比较结果。
图表页
集中查看关键图、轨迹图、treemap 和多样本比较图。
下载中心
正式 PDF、图表包、结果表、方法说明，全部回到账户下。
Focus
默认先做这 5 类分析
多样性指数
包括指数本身和时间追踪。
免疫指标
分布图、五维图、免疫年龄。当前免疫年龄先支持 `TRA`。
Treemap
按链展示 clone structure，并支持点击查看单链结构。
Top clones
Top5 大克隆和追踪图，优先支持汇报和论文场景。
多样本比较
差异分析、链间比率和基础比较，作为增强模块逐步扩展。